Музей физико-математического лицея № 239 называется «История школы». Он образован приказом директора в 1990 г. Базой для этого послужил материал, собранный в процессе подготовки к 250-летию Анненшуле и 25-летию со времени превращения 239-й школы в физико-математическую.
Готовились к юбилею не один год. Выпускников школ искали по всему Советскому Союзу. Были собраны воспоминания, документы, фотографии. Ещё несколько лет ушло на сортировку этих богатств, и к 1990 г. появилась возможность представить систематизированные материалы в виде музейной экспозиции. В 1996 г. в связи с отсутствием человека, который мог бы заниматься музеем, его работа была прекращена, а экспозиция разрушена.
С 1998 г. по 2016 год музеем руководила Татьяна Витальевна Любченко. Ею создана новая экспозиция, вместившая материалы по истории Анненшуле, школ — её наследниц и истории 239-й школы.
В 2008 г. музей был переведен в два бывших класса площадью каждый более 70 кв. м. Это позволило разделить экспозицию на две части: Зал № 1 — история Анненшуле и школ, возникших на её основе, и зал № 2 — история 239-й школы. В 2011 г. музей вновь принял посетителей. В музее хранятся все экземпляры газеты «Формула», выпускаемой учениками, имеется Книга почёта и Дайджест.
Знаменитые спортсмены — наши выпускники (Н.Кучинская, А. Халифман и др.)
Великие актёры — наши выпускники (А.Фрейндлих, О. Волкова, А. Толубеев и др.)
Послереволюционная история Анненшуле (школы № 11, 189, 9, 32, 203)
История зданий Анненшуле
Герои Советского Союза — выпускники 11-й школы
История развития детских движений в Ленинграде на примере 11-й школы
Правила жизни и учёбы в Анненшуле
Небываемое бывает (о блокаде)
Б.И. Кончаев (его имя носит петербургская МЧС)
Основоположник музея школы Г.Р. Кипарский и история его семьи
Учитель Анненшуле И.И. Арронет
Предметы старого школьного быта
Военные судьбы зданий, в которых в разное время размещалась 239-я школа
История одного экспоната (судьба двух блокадников)
Знаменитые выпускники Анненшуле (Р. Бах, Э. Эйхвальд, Е. Грановская и др.)
Залы музея
Зал № 1 — школы лютеранской церкви Св. Анны
В этом зале на стендах и в витринах расположены материалы о возникновении и развитии школы при лютеранской церкви Св.Анны. Представлены фотографии людей, которые руководили школой, были её учителями и наставниками. Школа строила новые здания, учителя создавали учебники — материалы в витринах тому подтверждение. Можно видеть табели, аттестаты, тетради, альбомы учеников Анненшуле. На стенде — фотографии выдающихся выпускников школы.
Зал № 1
В 1918 г Анненшуле была национализирована и на её основе были организованы 11-я и 9-я советские единые трудовые школы (впоследствии 189-я и 32-я и 203-я соответственно). В многочисленных альбомах и на стендах представлены фотографии выпускников этих школ. Первые пионерские организации, школьное самоуправление появились в 11-й школе. На стендах — первые руководители пионерских организаций.
Война принесла много потерь школе. Ушли на фронт и погибли многие её ученики (см. стенды и витрины). Среди тех, кто воевал, трое получили высокое звание Героя Советского Союза.
В 1944 г школы поделили на мужские и женские: 189-я стала женской, а 203-я — мужской. В 1975 г 189-я школа была переведена на ул. Пестеля. В 2008 г 203-я школа была закрыта. На стендах — фотографии выдающихся выпускников этих школ, на стеллаже — их книги.
Зал № 2 — 239 школа
История 239-й школы начинается в 20-е годы 20-го века. Сначала школа была семилетней (по тем временам больше и не требовалось). Она неоднократно меняла свою структуру, но всегда оставалась весьма престижной. К середине 30-х годов школа уже была 10-летней и вполне могла гордиться своими выпускниками, среди которых многие стали замечательными учёными, политическими деятелями. Свой известный теперь всему миру номер школа получила в период последней городской перенумерации в 1939—1940 учебном году (до этого она была 57-й и 14-й).
Зал № 2
Всю блокаду 239-я школа работала. Умирали от голода и погибали от бомбёжек и обстрелов учителя и ученики, но живые учили и учились, гасили зажигалки, помогали в госпиталях ухаживать за ранеными, летом работали «на огородах».
После войны в школе продолжался учебный процесс. В 1961 г по инициативе Ленинградского отделения математического института АН СССР 239-я школа становится школой с углублённым изучением математики. В ней остались только старшие классы, в которые набирали по конкурсу. Общее число учащихся уменьшилось, и в 1964 г школу перевели в мало для неё приспособленное здание на ул. Плеханова (теперь Казанская) в дом № 48/1. Там не было места для имевшихся уже тогда в школе ЭВМ, не было физкультурного зала, было очень тесно.
В 1966 г школа переехала в здание бывшей Демидовской гимназии на наб. реки Мойки, 108. В этом замечательном здании школа жила до 1975 г, когда для новых факультетов института им. Лесгафта понадобились новые площади. И 239-я школа вновь переезжает. На этот раз в старую часть города на ул. Кирочную, 8, в здание, принадлежавшее ранее знаменитой Анненшуле.
Уже с начала 60-х годов ученики 239-й школы стали побеждать в олимпиадах различного уровня, в том числе и международных. Школа становится известной в мире. Множество грамот и дипломов подтверждают это.
В витринах — фотографии учителей, работавших в школе во время блокады и после войны. Многие выпускники школы после окончания ВУЗа возвращаются уже в роли учителей. Фотографии учителей — наших выпускников занимают три стенда. В школе богатая клубная жизнь. О знаменитом литературном клубе старшеклассников «Алые паруса», о научном клубе «Тензор», туристическом клубе «Шаги» рассказывают стенды и витрины.
С 1990 года 239-я школа стала физико-математическим лицеем.
О спортивных и научных достижениях свидетельствуют многочисленные кубки, грамоты, дипломы и другие награды, представленные в зале.
Около старой школьной парты разместились предметы старого школьного быта. На столах и этажерках — альбомы об учителях, творческие и исследовательские работы учащихся.
Одна из витрин посвящена пионерской и комсомольской жизни учеников. В шкафу — книги, авторами которых являются учителя и ученики школы. На стеллажах — альбомы о выпускниках школы. Их портреты на стендах.